Далеко не по всему. АЭ может генерить по всему сечению, но на практике это встречается нечасто. Сама форма луча сложная: он толще около зеркал и тонкий где-то в середине лазера. Еще он ярче в центре и ослабевает к краям. В принципе луч даже не обязан быть круглым. Поэтому во многих лазерах края стержня работают слабее или не работают совсем. Разумеется, чтобы не терять мощность, стараются сделать, чтобы стержень работал целиком, но удается это не всегда.
Если края стержня сколоты, то можно просто снизить мощность и уменьшить диаметр луча, чтобы он целиком укладывался в неповрежденную часть. Если сколот один край, можно сдвинуть фокус зеркал, чтобы перетяжка луча была не в центре стержня, а в центре сколотого края. Все решаемо.