Тема: Коды ДНК

[Gall]

Вот фрагмент из  статьи, где говорится об опасности не корректной работы с мШЭИ:

А будет-то что? Где растения-мутанты? Покажите их.

ППГ мозги хорошо пудрит людям - вы уже синонимы с омонимами путать начинаете, его стараниями. Не поддавайтесь.

Если правильно понял кодоны CTT  в одной последовательности значит аминокислоту ЛЕЙ
в другом месте кодоны CTT значит аминокислоту например ГЛУ
это называется омоним.

Это называлось БЫ "омоним", если бы CTT иногда означал "лейцин", а иногда "глутамин". Но если посмотреть на таблицу - да-да, на ту самую, красно-синюю, вы в ней найдете CTT только в одном месте, и в этом месте будет написано "лейцин". В таблице всего 64 кода, все разные, второго "CTT" в ней нету.

Видите?

Вот так вот и фальсифицируется наука. Вы имеете перед глазами прекрасно написанную, красивую, красно-синюю таблицу кодонов с символом "инь-ян" в углу. В ней синим по белому написано, что "CTT" - это "лейцин", всегда "лейцин", только "лейцин" и ни что иное. Да, вы правильно поняли - Гаряев именно то и хочет сказать, что "в другом месте кодоны CTT значит аминокислоту например ГЛУ" - с одной лишь поправкой: В ТОЙ ЖЕ СТАТЬЕ В ТАБЛИЦЕ НАПИСАНО РОВНО НАОБОРОТ. В таблице каждая комбинация букв написана только один раз, и у каждой комбинации есть одно и только одно значение!!! И у красных, и у синих!!!

Вот такая вот "логика". Вот такие вот "выводы". По-моему, именно это называется "ОБМАН".

[barbucha]

я поэтому и поднял тему омонимов
так как не понял что имелось в виду и хотел узнать есть ли еще где такое.
Там еще пишет что аминокислота кодируется 2 первыми кодонами и 3 может быть любым.

может имелось в виду то что написано в википедии

По крайней мере у 16 типов организмов генетический код отличается от канонического. Например многие виды зелёных водорослей Acetabularia транслируют стандартные стоп-кодоны UAG и UAA в аминокислоту глицин, а гриб Candida интерпретирует РНК-кодон CUG не как лейцин, а как серин.

Грибы понятное дело.

В системах связи для передачи сигналов с проверкой на ошибки и восстановлением сигнала используются полиномы. Может ли быть что-то подобное в ДНК?

[Gall]

А теперь смотрим, что именно вас ввело в заблуждение.

Есть у кодонов такая особенность - дофига кодонов имеют одинаковое значение, причем в 8 из 16 случаев не имеет значения третий нуклеотид. Иначе говоря, все четыре его варианта являются синонимами. Гаряев эти 8 случаев синим раскрасил. Его совершенно не смущает, что в большинстве остальных случаев там по ДВЕ ПАРЫ синонимов в каждой ячейке, причем всегда одну пару составляют пурины (А и Г), а другую пару - пиримидины (Т и Ц). Он этот "неудобный" факт игнорирует и лихо красит такие пары красным.

А на самом деле все намного проще, чем он говорит. Смотрите сами.

Если центральный нуклеотид - C, то третий роли не играет, и все решает первый.
Если центральный нуклеотид - G или T, то если первый с тремя связями (G или С), то он решает все. Иначе подключается третий. При этом в половине случаев важно только, пурин он или пиримидин.
Если центральный нуклеотид - A, то в третьем играет роль только, пурин он или пиримидин.

Ну и зачем было все усложнять, раскрашивать?

[Gall]

я поэтому и поднял тему омонимов
так как не понял что имелось в виду и хотел узнать есть ли еще где такое.
Там еще пишет что аминокислота кодируется 2 первыми кодонами и 3 может быть любым.

Тут как раз все понятно. Он эти случаи синим раскрасил. Когда по первым двум буквам все определяется, а третья ни на что не влияет. Это называется "избыточный код".

Это настолько очевидный факт, что про это даже писать незачем. Достаточно просто посмотреть на таблицу.

В системах связи для передачи сигналов с проверкой на ошибки и восстановлением сигнала используются полиномы. Может ли быть что-то подобное в ДНК?

Сначала узнайте, КАК они используются.

Полином - просто способ ЗАПИСИ способов вычислений. Если мы ДНК записываем буквами, это МЫ их так записываем. Если мы считаем, что удобно вычисления через полиномы делать, это МЫ так хотим делать. Если я не хочу пользоваться полиномами для восстановления сигнала, я не буду ими пользоваться, но сигнал восстановлю точно так же. Это МОЕ ПРАВО.

Хотите анализировать ДНК полиномами - анализируйте. Не хотите - не анализируйте. Это ВАШЕ право. ДНК от этого не изменится.

[Gall]

Вообще все построения Гаряева сразу обламываются, если принять во внимание еще одну "мелочь".

A, G, T, C - не просто четыре "буквы". За ними скрываются вполне конкретные химические формулы.



Аденин. Пуриновый. Две водородных связи.
Тимин. Пиримидиновый. Две водородных связи.
Гуанин. Пуриновый. Три водородных связи.
Цитозин. Пиримидиновый. Три водородных связи.
Урацил. Пиримидиновый. Две водородных связи. Поэтому заменяет тимин в РНК.

Классификация "пуриновый-пиримидиновый" и "две связи - три связи" сразу одним махом объясняет закономерности таблицы, в том числе те, которые Гаряев объяснить не может (например, почему обычно синонимы идут парами, почему в РНК урацил вместо тимина и т.д.). Игрой с буковками химию не объяснить, да. И при этом никакой фигни с "омонимией", которой нету, не возникает. А самое главное, что тогда строки таблицы придется поставить в другом порядке (чтобы пурины с пуринами, пиримидины с пиримидинами, двойки с двойками и тройки с тройками), и символ "инь-ян" уже не получится. Вот так-то.

Предвижу вопрос про "две связи" и "три связи". Вот ответ. Водородные связи - пунктиром.


Грубо говоря, Гаряев в своих статьях много философствует насчет того, стоит ли плоская Земля на трех слонах или на трех китах. А ученые-то давно открыли, что Земля на самом деле круглая. Нету "инь-ян". Нету буковок. Есть водородные связи. И есть подробный разбор гаряевского труда на scorcher.ru - почитайте, многое станет ясно.
http://www.scorcher.ru/mist/gariaev/2.php

[Gall]

Вся молекулярная биология за пять минут.

(Ну не вся, конечно, но представление дает).

1. Роль углерода и водорода.

В таблице Менделеева есть много элементов, но есть и особые. Очевидно особый водород - он самый первый, самый маленький и самый легкий, всюду пролезет и нигде без него не обходится. Есть много других "самых-самых" - самый едкий фтор, самый инертный гелий и т.д. И есть САМЫЙ СРЕДНИЙ - это углерод. В этом и есть его особенность - он средний, он универсальный, он образует соединения с чем угодно, даже сам с собой. Поэтому углерод может образовывать сложные цепи, ветви, кольца и соединения с любыми другими атомами. Они настолько разнообразны, что им отвели в химии отдельный раздел - ОРГАНИЧЕСКУЮ ХИМИЮ. Он настолько частый, что химики даже перестали рисовать его (и водород) на формулах и рисуют только связи - на концах палочек и в углах предполагается углерод, а у каждого углерода предполагается водород в должном количестве, чтобы число связей было 4 в сумме.

2. Водородная связь.

Органические молекулы содержат много водорода, но содержат и другие элементы. Из-за структуры молекулы атомы водорода всегда электрически слегка заряжены. Поэтому молекулы разных веществ могут притягиваться друг к другу, если их "форма" друг другу подходит (против водорода оказывается кислород, например). Универсальная молекула тут - вода, у нее водород с одной стороны и кислород с другой. Поэтому она выступает посредником или балластом во многих реакциях.

Соединяясь через водородные связи, молекулы-"детальки" образуют "механизм" - фабрику по перевариванию пищи и извлечению энергии, по перемещению, охоте, даже мыслящую. Организм называется. По сути, это нано-механизм в действии: микроскопические, в нанометры размером молекулы берут всякие атомы и переставляют их, как роботы на конвейере. Из атомов собираются молекулы, эти молекулы ставятся на тот же конвейер и начинают в нем работать... Кстати, молекула, которая делает определенную операцию, называется "фермент".

3. Аминокислоты и белки - "лего".

Из атомов можно составить молекулы с любыми свойствами, но это сложно. К счастью, есть интересный вид молекул, у которых с одной стороны "крючок" (кислотная группа), а с другой "петелька" - аминогруппа. А посередине - что угодно. Есть тысячи аминокислот, но только два десятка простейших из них используются в организме. Цепляя "крючок" за "петельку", из аминокислот можно сделать белок - примерно как из "лего". Организму не надо уметь делать много разных сложных молекул, большую часть своей работы он делает из такого "конструктора". За небольшим исключением - например, гормоны делаются все-таки из атомов, а некоторые вещества организм просто делать не умеет, они называются "витаминами" и должны поступать с пищей.

4. ДНК - чертеж белка.

Можно было бы хранить информацию в виде собранных белков и копировать их, но это слишком сложно, и Природа так делать не стала. Для "чертежей" белка предусмотрен отдельный механизм хранения. Четыре простых молекулы (аденин, тимин, гуанин и цитозин) собираются в цепочку с помощью сахара (дезоксирибозы). Из-за чуть-чуть разного размера молекул все это закручивается в спираль. Это и есть ДНК. Или, если сахар другой (рибоза), то РНК. Когда становится нужно, ДНК раскручивается, и с помощью РНК с нее снимают копию. Затем по копии с помощью опять же РНК синтезируют белок. Когда надо раскручивать и с какого места - определяют белки и кусочки РНК, плавающие вокруг ДНК (ферменты); в какой-то момент один из них находит на ДНК нужное место и начинает раскрутку.

5. Как работают лекарства, наркотики, яды и проч.

Очень просто. Они входят в этот механизм и начинают работать в нем. Простейший (и самый известный) пример - героин. Почему героин наркотик? Потому что его форма и размеры молекулы, расположение водородных связей совершенно случайно совпало с таковыми у белка эндорфина, который регулирует важные функции мозга (в том числе настроение человека). Героин в организме встает на место эндорфина и начинает работать за него... ну вы поняли. Лекарства, яды и др. работают точно так же.

Думаю, суть ясна. Дальше есть много тонкостей, что, как, где и почему - но этим уже занимаются специалисты. "В целом" все ясно, неясно только "в частности".

[barbucha]

сайт http://www.myff.ru/ не грузится
это был сайт бесплатных форумов


http://quantrinas.myff.ru это бесплатный форум там нет продления доменного имени.

как посмотреть до какого числа myff.ru работает

[donavi]

Там делегировании домена прекращено по причине нарушения
короче кто то настучал и лавочку прикрыли 

[Gall]

Как обычно и бывает с сайтами-"бомжатниками". У "бомжатника" либо есть очень жесткая цензура, либо он мгновенно превращается в рассадник наркоторговцев, пиратов и детской порнографии, со всеми вытекающими. Тут цензуры не было, да и сам сайт был сделан, мягко говоря, некрупной фирмой. Без крутых юристов в штате.

Посмотреть информацию можно через whois.

donavi, я там написал статейку про правильную обработку результатов измерений. Постарайтесь применить на практике в своих экспериментах. Это не моя прихоть, это ОЧЕНЬ важно.

[donavi]

donavi, я там написал статейку про правильную обработку результатов измерений. Постарайтесь применить на практике в своих экспериментах. Это не моя прихоть, это ОЧЕНЬ важно.

почитаю

[barbucha]

как можно узнать причину стучания
подозрительно получилось.

Если домен оканчивается на ru то он подчиняется законам РФ
а если на COM или другое то могли бы тогда закрыть?

и в какую организацию обычно стучат если сайт нарушает права
организация зарегистрирована в РФ но сайт заканчивается на SU или COM
реально ли проверить на кого зарегистрирован домен на RU
например фирма регистратор говорит что на вас зарегистрировано, а регистрирует на себя.
как это реально проверить?

[Gall]

как можно узнать причину стучания
подозрительно получилось.

Если домен оканчивается на ru то он подчиняется законам РФ
а если на COM или другое то могли бы тогда закрыть?

Это НЕ реестр запрещенных сайтов - основной хостинг работает. Лежит именно хостинг бесплатных форумов. Лежит так, как будто его отключили сами администраторы. Так отключают либо за неуплату (разорилась фирма, которой этот хостинг принадлежал), либо при серьезном конфликте с администрацией ресурса (например, на каком-то форуме была порнография, а владельцы отказывались ее стирать). Форумов на этом хостинге было до фига и более, так что виноват может быть абсолютно любой из них. По всем признакам выглядит именно как неуплата. На блажь владельцев непохоже - они бы вывесили хоть какой-нибудь баннер с объяснением причин.

и в какую организацию обычно стучат если сайт нарушает права
организация зарегистрирована в РФ но сайт заканчивается на SU или COM
реально ли проверить на кого зарегистрирован домен на RU
например фирма регистратор говорит что на вас зарегистрировано, а регистрирует на себя.
как это реально проверить?

Сам домен не играет роли. Важно то, где физически стоит сервер с хостингом.

Стукачество в России не работает. Если сайт нарушает права, то владельцам сайта (смотрят, на кого зарегистрирован) или хостинг-провайдеру (если владельца не удалось определить) пишут заказное письмо с досудебной претензией. Потом подают в суд.

Сейчас есть только три причины, за которые реально сайты закрывают без суда - наркота, детская порнуха, "Единую Россию" ругали. Остальное вообще никого не колышет.

[barbucha]

сайт включился опять

[Gall]

donavi, я там написал статейку про правильную обработку результатов измерений. Постарайтесь применить на практике в своих экспериментах. Это не моя прихоть, это ОЧЕНЬ важно.

почитаю

На будущее - результаты экспериментов публикуются в цифрах. Величина, погрешность. Или: "да" вероятность такая-то, "нет" вероятность такая-то. Если ищем явление, которое "необъяснимо в современной науке", то сначала из этой самой "современной науки" вычисляем, сколько должно быть, а потом со своим измерением сравниваем - укладывается в погрешность или нет. Если укладывается, увы, "современная наука" все прекрасно объяснила и так...

[Gall]

сайт включился опять

Заплатили?