Есть два случая.
1. Измеряются БОЛЬШИЕ колебания (много больше длины волны). В этом случае принцип работы ничем не отличается от простого наблюдения через телескоп или микроскоп с нарисованной на окуляре шкалой. Лазер позволяет в некоторой степени автоматизировать процедуру, но не более того. Для биологических объектов обычная видеосъемка в крупном масштабе будет ничем не хуже. Это не исключает возможность использования лазера в качестве источника света для видеосъемки - у лазера тоже есть свои преимущества. Но начинать лучше с обычной съемки в обычном белом свете через подходящую оптику.
2. Измеряются МАЛЫЕ колебания (сравнимые с длиной волны или меньше). В этом случае используется голографическая интерферометрия. Точность измерения в этом методе запредельная (единицы нанометров), НО! совершенно недопустимы быстрые большие перемещения объектов. Для живого, незакрепленного, свободно движущегося объекта этот метод сравним с попыткой на бегу нарисовать картину на кабине едущего по кочкам КамАЗа: все интересные мелкие перемещения просто потонут в огромных колебаниях объекта как целого. Но для исследования более-менее закрепленных объектов на предметном стекле микроскопа этот метод подходит великолепно.
В обоих случаях длина волны выбирается из конструктивных особенностей установки. Вариантов не так много, поэтому особо капризничать не приходится. Например, для интерферометрии обычно используют газовые лазеры, поскольку их длина волны более стабильна. Дешевый газовый лазер - гелий-неоновый, вопрос о длине волны снимается. Или, например, при съемке на камеру с кремниевой матрицей учитывается, что кремний более чувствителен к красному и инфракрасному, а синий и зеленый для него проблема. Поэтому будет выбран, скорее всего, красный лазер на 650 нм как самый дешевый. Объект может диктовать свои требования - например, красную кровь в красном свете исследовать неудобно, возьмем тогда дешевый зеленый лазер - значит, на 532 нм, он самый дешевый. Как-то так.